pensando velocemente, mi viene in mente una soluzione di questo tipo...
Caso A: ti serve avere i record con campi uguali?
fai una join tra le due tabelle e verifichi che l'id sia lo stesso e i campi che devi controllare abbiano lo stesso valore
Es. tabella1.id = tabella2.id AND tabella1.campoX = tabella2.campoY

Caso B: ti serve avere i record con campi diversi?
come per il caso precedente, con una join recuperi i campi con id uguale e solo qeulli con campi da verificare con valori diversi.
Es. tabella1.id = tabella2.id AND tabella1.campoX <> tabella2.campoY

Io te l'ho buttata lì velocemente...guarda se da queste poche righe riesci a capire se puoi risolvere il tuo problema
ciao