Ciao, se il tuo intendo è differenziare in funzione del 32 e del 64 bit, vai nel configuration manager cliccando con il pulsante destro sulla solution. Crea un nuovo "solution platform" per x64, in questo modo, oltre a poter scegliere tra debug e release ti ritrovi sulla toolbar, anche le voci x86 e x64.
A questo puoi modificare il file csproj manualmente (con notepad o facendo l'unload) e aggiungere le reference o i file, ponendo la condizione. Ad esempio
<Reference Include="System" />
<Reference Include="Pippo" Condition=" '$(Configuration)|$(Platform)' == 'Debug|x86' " />
<Reference Include="Pluto" Condition=" '$(Configuration)|$(Platform)' == 'Debug|x64' " />
Riaprendo il progetto ti ritroverei con entrambe le referenze che verranno però compilate con la rispettiva piattaforma