Vuoi usare il setup project di Visual Studio o ClickOnce per il deployment? Il primo è più completo e puoi anche aggiungere un custom installer da avviare e fare qualsiasi cosa. In questo caso sono anche disponibili solitamente dei pacchetti parziali da unire, ma non so se mysql lo supporta. ClickOnce è più limitato ed è pensato per installazioni rapide, senza diritti amministrativi.
Per i custom installer con i quali potresti installare e fare quello che vuoi prova a dare un occhio qua http://msdn.microsoft.com/en-us/library/d9k65z2d(VS.80).aspx