La tua domanda ho due risposte possibili una legale una tecnica; nel primo caso dipende da che contratto hai stipulato con il cliente, in particolare per quanto riguarda la proprietà del codice sorgente. Tecnicamente diciamo che tendenzialmente la risposta è no, non puoi impedirne il riutilizzo (e questo dipende dal funzionamento del framework stesso); l'unica cosa che puoi fare è rendere difficoltosa la decompilazione, tipicamente utilizzando qualche tool di offuscamento (con una ricerca in Internet trovi diversi prodotti di questo tipo)
HTH

jampicoll ha scritto:

Io inserisco direttamente i file .aspx nel server, tutto qui.
Non compilo nulla. Mi sono perso qualche passaggio?

Nel tuo post iniziali hai parlato di "piccole applicazioni installate sui suoi server" ed ho immaginato fossero WinForms / WPF / Console App / Class Library / ...
Trattandosi di asp.net (probabilmente Web Site e non Web Application) hai poco da offuscare, per cui ti puoi dunque tutelare solo da un punto di vista legale (ammesso che tu riesca a venire a sapere che il clienta abbia indebitamente riutilizzato il tuo codice e che tu lo possa dimostrare...)