Utilizzo questa funzione per aprire una popup:
protected void Button1_Click(object sender, EventArgs e)
{

string script= "function PopupCentrata() {";
script += "var w = 400;";
script += "var h = 250;";
script += "var l = Math.floor((screen.width-w)/2);";
script += "var t = Math.floor((screen.height-h)/2);";
script += "window.open('mioFile.htm','','width=' + w + ',height=' + h + ',top=' + t + ',left=' + l);";
script += "}";


if (!ClientScript.IsClientScriptBlockRegistered("NewWindow"))
{

ClientScript.RegisterClientScriptBlock(this.GetType(), "NewWindow", script, true);

}

}
Però quando clicco sul pulsante anche se non vengono generati errori la popup non si apre, da cosa potrebbe dipendere?

Quel codice funziona solo se vengono abilitate esplicitamente le popup dall'utente, altrimenti è perfettamente inutile.