Sì e hai due modi:
- i workflow services: dei servizi wcf implementati tramite wf
- workflow instanziati manualmente: in questo caso devi creare il WorkflowRuntime così come faresti una console application, all'interno del global.asax o di un modulo.
Credo che tu voglia quest'ultimo. La tecnica è la stessa ma devi prestare attenzione ad alcune cose:
- il workflow scheduler: puoi usare quello predefinito che carica in automatico i wf in coda o quello manuale che ti permette di far partire manualmente un flusso. Nel primo caso occhio al numero di thread. Guarda qua http://msdn.microsoft.com/en-us/magazine/cc163623.aspx