Come da titolo ...è possibile applicare un tema ad una singola cartella della nostra applicazione web?
è capitato mai a nessuno?

Nel web.config è possibile applicare configurazioni custom a files o sottodirectory specifiche.
Crei una sezione location indicando in path la sottodirectory
per quella sottodirectory crei il system.web custom all'interno del quale vai a sovrascrivere la proprietà theme con quello che desideri.

<location path="CustomTheme">
<system.web>
<pages theme="CustomTheme" />
</system.web>
</location>