Il problema che mi si pone è questo:
ho modificato i permessi alla directory uploads, documenti, immagini e insomma tutte quelle directory che sono all'interno di uploads...
Non è necessario. E' sufficiente che tu assegni i permessi adeguati per la directory "padre" (nel tuo caso, a quanto ho capito, "uploads") e che tu faccia si che le ACL vengano ereditate dalle directory figlie.
Il problema arriva quando però, creo una directory all'interno delle sopra nominate e cerco di eseguire l'upload di un file all'interno di essa.
E' un problema, come ti dicevo prima, di ereditarietà delle ACL.